NGSを活用したゲノムワイドSNPジェノタイピングは、作物の遺伝子解析や育種選抜において重要です。一般的なNGSジェノタイピング手法として、GBSやRAD-Seq、GRAS-Diなどがありますが、これらは得られるSNPの位置が異なるため、異なる実験間での結果比較ができません。これに対し、アンプリコンシーケンシング法は特定のSNP領域をPCRで増幅し、NGSで解析するため、より正確なデータ比較が可能です。この手法は、品種の同定やゲノミック予測に非常に有効です。
Allegro Targeted Genotyping V2システムは、Single Primer Enrichment Technology（SPET）を使用して特定のSNP領域をPCRで増幅し、Illumina社のシーケンサー用のライブラリーを作成するキットです。このシステムでは、1つのライブラリーに最大48サンプルをプールでき、1回のアッセイで10万か所以上のSNPのジェノタイピングが可能です。実際に、トマトの500のSNPに対してプローブを設計し、65品種のトマトDNAでジェノタイピング試験を行い、結果を比較しました。
※本文は日本語です。
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